In den Jahren nach der Säkularisation versuchte man die alten Klostergebäude einer neuen Nutzung zu übergeben. Nachdem allerdings mehrere Versuche scheiterten und man keine Verwendung für die Klostergebäude finden konnte, verfielen sie zusehens.

Erst im Jahr 1923 konnte durch eine glückliche Fügung die niederländische Abtei Berne-Heeswijk das Kloster zurückerwerben und neu besiedeln.

Nach und nach erneuerten die „holländischen“ Mitbrüder die alten Gebäude und erfüllten sie mit Leben. Im Jahre 1957 kamen erneut Mitbrüder aus den Niederlanden nach Windberg, von denen noch heute drei Mitbrüder in Windberg leben.

Seit dieser Zeit wirken die Mitbrüder wieder als Seelsorger in den umliegenden Pfarreien.

1971 eröffnete man das Jugendhaus, dass 1975 zu einer Jugendbildungstätte des Bayerischen Jugendrings wurde. 20 Jahre nach der Eröffnung wurde 1991 der neue Bettentrakt, mit 100 Betten eingeweiht.

Von Windberg aus wurde im Jahr 1982 die ehem. Prämonstratenser-Abtei Roggenburg wiederbesiedelt. Heute leben dort 13 Mitbrüder.

Fast 200 Jahre nach der Aufhebung wurde im Jahre 1994 wieder ein Abt gewählt. Von 1994 – 2003 stand Abt Thomas Handgrätinger an der Spitze der Gemeinschaft von Windberg. Nachdem er 2003 zum Generalabt des Ordens gewählt wurde, ist Hermann-Josef Kugler der 47. Abt von Windberg.